Kisah tentang 4 kura-kura ninja mutan yang ahli dalam ilmu beladiri dengan masing-masing senjatanya. Keempat kura-kura ninja tersebut dilatih oleh seekor tikus yang bernama Master Splinter yang ahli dalam ilmu beladiri.
Bekerja sama dengan reporter cantik April O'Neil (Megan Fox) dan juru kamera Vernon Fenwick (Will Arnett), 4 bersaudara Teenage Mutant Ninja Turtles ini berusaha menyelamatkan kota New York yang dikuasai oleh kelompok penjahat yang dipimpin oleh The Shredder (William Fichtner).